伊尹来到商汤身边后，汤王非常高兴，十分相信伊尹，把一切治理国家大事全部交给了他。伊尹精诚报国，一心一意辅佐商汤治理国家。在伊尹的帮助下，很快攻灭了夏桀，建立了商王朝。

后来汤王得了重病，临死的时候，还拉着伊尹的手说：“我活着的时候，你给我出谋划策，治理国事，我死了以后怎么办？”伊尹含着泪说：“请国王放心，你在世的时候一切由你作主，万一你升天了，按理一切应由太子作主，但是，太子已比你先辞世了，国家大事应该由太子之子太甲作主。我伊尹一定会全力辅佐他，决不会操二心。”商汤摇摇头说：“不，我不是这个意思，我是说，太甲太年幼，遇事无主见，国家大事还得你作主，如果太甲有什么过错，你可以处罚他。”伊尹急忙跪下说：“你下世以后，他就是君主，为臣实在不敢。”汤王含着眼泪说：“我所以把国家大事交与你，就是怕太甲把国家毁于一旦，现在我相信你，就是要让你继续为国家效忠。”说罢，他就命人把他的话作为遗嘱，记在国家法典上。随后他就闭目晏驾了。

商汤死后，他的孙子太甲继承了他的王位，可是太甲由于年幼，又过惯了安逸的生活，整天吃喝玩乐，不理朝政。伊尹见他渐渐荒废朝政，就劝告他：“作为一个国君，应该把精力放在治理国家的大事上，像你这样下去，是要坏大事的。”谁知太甲一听竟恼羞成怒，反问伊尹：“咱们俩谁是君主？”伊尹说：“当然你是君主。”太甲说：“既然我是君主，是你管我，还是我管你？是你听我，还是我听你？”伊尹见他不辨是非，以君主压人，就反问道：“你和先王相比，是你说的算，还是先王说的算？”太甲说：“当然是先王说的算！”伊尹说：“既然如此，先王临终之前曾嘱咐我，你若有了过错，我可以以他的名义惩罚你。”太甲说：“先王是我的祖父，我是他的孙子，先王在，我可以听他的，先王不在我可以不听你的。”伊尹见说服不了太甲，只好搬出商汤王遗留下来的遗嘱法典，依照法典，把太甲放逐到商汤王的墓地去思过。

太甲面对先王坟墓，思过三年，才彻底认识到自己的错误，决心痛改前非，重新做人。伊尹听说太甲悔过自新，非常高兴，就亲自带领朝臣把太甲迎回朝中，并全心全意地帮助他治理国家。

太甲在位三十三年，死后，他儿子沃丁继位，伊尹又忠心耿耿地辅佐了沃丁八年，活了一百多岁。伊尹死后，其子伊陟又辅佐一个商王太戊，也是商朝中很有作为的帝王。伊尹、伊陟他们父子为商朝前后共辅佐四个商王，真可谓忠心耿耿，精诚报国，淡泊名利，一心为民的一代忠臣，伊尹又被后人称为“元圣”。

伊尹是商代最好的政务官。后来人们把他与吕尚合称为“伊吕”。商王沃丁为感激伊尹的汗马功劳，伊尹死时，他以天子的礼仪，把伊尹安葬在商都西亳（今偃师）。